ZOOM Lite

Deskrizzjoni

ZOOM Lite huwa softwer tal-immappjar u l-viżwalizzazzjoni tad-dejta tal-ġenerazzjoni li jmiss. L-utenti jdaħħlu ġenomi ta 'referenza u Illumina/Solexa qari fajls jew spazju tal-kulur AB SOLiD jaqra fajls f'diversi formati, bħal * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta eċċ. ZOOM joħroġ ir-riżultati tal-immappjar ta' dawn il-qosor taqra fuq is-sekwenza ta 'referenza. ZOOM Lite għandu qlub tal-immappjar veloċi u preċiż ibbażat fuq teorija ta 'żrieragħ multipli mfassla ġodda. Kemm it-tarf wieħed kif ukoll it-tarf imqabbad ta 'tulijiet varji minn 15bp sa 240bp jistgħu jiġu ttrattati. Kwalunkwe numru ta 'diskrepanzi u inserzjoni/tħassir wieħed ta' diversi tulijiet bejn il-qari u r-reġjun fil-mira tiegħu fuq is-sekwenza ta 'referenza huma permessi. Ir-riżultati mmappjati b'mod uniku jew l-aħjar riżultati (l-aqwa N) għal kull qari jiġu rrappurtati skond in-nuqqas ta 'qbil minimu u t-tul ta' l-indel. Il-punteġġi tal-kwalità jintużaw biex itejbu l-eżattezza tal-immappjar. Ibbażat fuq il-qalba tal-immappjar, ZOOM Lite jippermetti lill-utenti jillowdjaw dejta ta ’qari lokali u dejta ta’ sekwenza ta ’referenza, jagħżlu parametri xierqa, jipproċessaw dejta ta’ volum għoli b’mod parallel bejn erba ’CPUs, jissorveljaw il-kompiti li jkunu għaddejjin, jaħżnu r-riżultati tal-immappjar, jaraw il-graffs ta’ riżultati tal-immappjar u riżultati tal-immappjar tal-ħruġ jew f'formati ta 'fajl * .BED jew * .GFF għal aktar stħarriġ bl-informazzjoni tal-binarju tal-browser UCSC Ir-riżultati tal-immappjar jistgħu jidhru fi kwalunkwe skala mixtieqa, mill-graff tal-fond moqri fuq kromożoma sħiħ għal allinjamenti dettaljati tas-sekwenza bejn il-qari u s-sekwenza ta 'referenza. L-utenti jinnavigaw faċilment f'reġjuni ta 'interess sempliċement permezz ta' click and drag jew scrolling. ZOOM Lite huwa derivattiv tas-softwer ZOOM Studio.