RAPTOR

Deskrizzjoni

RAPTOR huwa softwer innovattiv iddisinjat għal tbassir preċiż tal-istruttura tal-proteina. Jgħaqqad għodod ta 'analiżi avvanzati f'soluzzjoni waħda integrata ta' softwer u jipprovdi tliet metodi ta 'threading differenti. L-approċċ uniku tar-RAPTOR għall-ottimizzazzjoni tal-ipprogrammar ta 'numru sħiħ huwa l-iktar effettiv biex isib mudelli ta' struttura ta 'miri b'omoloġija ta' sekwenza baxxa u huwa kapaċi jiġġenera mudelli ta 'kwalità għolja. L-interface faċli biex tużah u l-valuri E faċli biex tinftiehem huma ideali għal dawk li jibdew u esperti. Fuq kollox, il-wiri intuwittiv tal-produzzjoni jippermetti lill-utenti jifhmu r-riżultati sempliċement f'daqqa t'għajn. Minħabba sekwenza ta 'proteina fil-mira, jekk hemm proteina omologa bi struttura 3D magħrufa, tista' tinstab billi tuża għodda ta 'tfittxija ta' sekwenza bħal PSI-BLAST, ipprovduta wkoll f'RAPTOR. L-istruttura tal-mira mbagħad tinbena mill-istruttura magħrufa; madankollu, meta l-omoloġija tas-sekwenza mhijiex sinifikanti, jiġifieri inqas minn 25%, PSI-BLAST ma tistax toħroġ bi hit kunfidenti. B'differenza minn PSI-BLAST, li sempliċement jagħmel tfittxija ta 'sekwenza, threading tal-proteini, rikonoxximent ta' darbiet, jagħmel użu kemm mill-omoloġija kif ukoll mill-informazzjoni dwar l-istruttura. Huwa jiskannja s-sekwenza tal-proteina bi struttura mhux magħrufa kontra database ta 'strutturi magħrufa. Bl-użu ta 'funzjoni ta' punteġġ u twettiq ta 'analiżi tal-kompatibilità bejn strutturi tridimensjonali u sekwenzi ta' proteini lineari, l-aħjar mudell strutturali jiġi identifikat minn fejn tinbena l-istruttura tas-sekwenza. Bħala riżultat, il-kamini tal-proteini jagħtu tbassir superjuri mill-immudellar tal-omoloġija meta hemm omoloġija tas-sekwenza marġinali.