FlexS

Deskrizzjoni

FlexS tbassar il-konformazzjoni u l-orjentazzjoni ta 'wieħed mill-ligands relattiv għall-ieħor. F'FlexS il-ligand ta' referenza huwa preżunt li huwa riġidu, għalhekk, għandu jingħata f'konformazzjoni li hija simili għall-istat marbut. L-algoritmu ta 'superpożizzjoni fil-FlexS jeħtieġ biss ftit intervent manwali. Tista' tintegra dan l-għarfien fil-komputazzjonijiet ma' FlexS billi twettaq passi singoli manwalment. Għalhekk, FlexS huwa ddisinjat għal xogħol interattiv fuq pari ligand kif ukoll għal screening virtwali bbażat fuq ligand. Iż-żewġ applikazzjonijiet ewlenin ta 'FlexS huma ligand super positioning (eż. għal CoMFA/QSAR) u screening virtwali. Jekk għandek proteina u molekula żgħira li torbot magħha (l-hekk imsejħa ligand ta 'referenza) iżda l-ebda struttura tal-proteina, tista' tieħu l-istruttura ta 'referenza bħala marka tas-swaba' negattiva tas-sit attiv. FlexS jiddetermina x-xebh bejn it-test u l-istruttura ta 'referenza billi tallinjahom. Fl-iskrinjar virtwali, għandek ligand ta 'referenza u sett ta' komposti u inti interessat li tagħti prijorità lill-komposti għall-ittestjar sperimentali.