QuasiRecomb

Deskrizzjoni

QuasiRecomb hija applikazzjoni ħafifa li taħdem fil-console tal-kmand, li tissimula mudell Markov biex tiġġenera Quasispecies virali. Jiddeskrivi l-ġenerazzjoni tal-kważispeċi virali u metodu biex jiġu dedotti l-parametri tagħha billi tanalizza d-dejta tas-sekwenzjar tal-ġenerazzjoni li jmiss. Il-mudell huwa vvalidat fuq data simulata, li juri l-vantaġġ li jittieħed kont espliċitu tal-proċess ta 'rikombinazzjoni, u ttestjat billi jiġi applikat għal qari miksuba minn kampjuni sperimentali tal-HIV. Joffri implimentazzjoni tal-algoritmu EM biex jinstabu stimi massimi a posteriori tal-parametri tal-mudell u metodu biex tiġi stmata d-distribuzzjoni ta 'razez virali fil-kważispeċi.