POY 4.1.2

POY: Is-Softwer tal-Analiżi Filoġenetika Ultimate

Jekk qed tfittex programm ta 'analiżi filoġenetika b'saħħtu u versatili, ma tfittexx aktar minn POY. Dan is-software edukattiv huwa ddisinjat biex jappoġġa diversi tipi ta’ data, inklużi morfoloġija, nukleotidi, ġeni u reġjuni tal-ġeni, kromożomi, u ġenomi sħaħ. Bil-POY, tista 'twettaq allinjament veru u inferenza tal-filoġenija mingħajr il-ħtieġa għal sekwenzi ta' input allinjati minn qabel.

Waħda mill-affarijiet li tiddistingwi lil POY minn programmi oħra ta' analiżi filoġenetika hija l-kapaċità tagħha li tinkludi inserzjonijiet, tħassir u arranġamenti mill-ġdid fil-punteġġ ġenerali tas-siġra taħt Maximum Parsimony jew fil-mudell taħt Maximum Likelihood. Dan jagħmilha għodda ideali għal riċerkaturi li huma interessati li jistudjaw relazzjonijiet evoluzzjonarji fuq firxa wiesgħa ta 'organiżmi.

POY joffri wkoll varjetà ta 'algoritmi euristiċi li ġew żviluppati speċifikament għal dan il-għan. Dawn l-algoritmi huma implimentati fis-softwer innifsu biex jiżguraw li l-analiżi tiegħek huma preċiżi u effiċjenti kemm jista 'jkun.

Kemm jekk qed taħdem ma 'settijiet ta' dejta żgħar jew settijiet ta 'dejta ġenomika fuq skala kbira, POY għandu dak kollu li għandek bżonn biex tibda bir-riċerka tiegħek. Hawn ħarsa aktar mill-qrib lejn xi wħud mill-karatteristiċi ewlenin tagħha:

Allinjament Veru

Bil-kapaċitajiet ta 'allinjament reali ta' POY, m'hemmx bżonn li s-sekwenzi tad-dħul jiġu allinjati minn qabel qabel ma tmexxi l-analiżi tiegħek. Dan jiffranka l-ħin u jiżgura li r-riżultati tiegħek huma preċiżi kemm jista 'jkun.

Inferenza tal-filoġenija

POY jippermettilek li tiddeduċi l-filoġenji billi tuża kemm metodi Maximum Parsimony (MP) kif ukoll Maximum Likelihood (ML). Tista' tagħżel liema metodu jaqbel l-aħjar għall-bżonnijiet tiegħek abbażi tat-tip ta' data li qed taħdem magħha.

Inserzjonijiet/Tħassir/Arranġamenti mill-ġdid

POY jinkludi inserzjonijiet/tħassir/riarranġamenti kemm fil-punteġġi tas-siġar MP kif ukoll fil-mudelli ML b'mod awtomatiku. Dan ifisser li anke avvenimenti evoluzzjonarji kumplessi jistgħu jiġu rappreżentati b'mod preċiż fl-analiżi tiegħek.

Algoritmi Euristiċi

Varjetà ta 'algoritmi euristiċi ġew żviluppati speċifikament għall-użu ma' POY. Dawn l-algoritmi jgħinu biex jiżguraw li l-analiżi tiegħek taħdem malajr filwaqt li xorta jipproduċu riżultati preċiżi.

Tipi ta' Dejta Multipli Appoġġjati

Kemm jekk qed taħdem b'dejta tal-morfoloġija jew b'sekwenzi sħaħ tal-ġenoma, POY jappoġġja tipi multipli ta 'dejta sabiex tkun tista' tanalizza kwalunkwe organiżmu irrispettivament mill-kumplessità tiegħu.

Interface faċli biex tużah

Minkejja l-kapaċitajiet avvanzati tiegħu, POY huwa faċli biex jintuża grazzi għad-disinn ta 'interface intuwittiv tiegħu. M'għandekx bżonn l-ebda esperjenza ta 'programmar jew għarfien speċjalizzat biex tibda b'din l-għodda tas-softwer b'saħħitha!

Fil-konklużjoni,

Jekk qed tfittex programm ta' softwer edukattiv iddisinjat speċifikament għal skopijiet ta' analiżi filoġenetika allura ma tfittexx aktar minn POY! Bil-karatteristiċi avvanzati tiegħu bħall-kapaċitajiet ta 'allinjament reali; appoġġ għal diversi tipi ta' dejta inkluża informazzjoni dwar is-sekwenza tad-DNA tal-morfoloġija; inklużjoni/inserzjoni/tħassir/riarranġament fil-punteġġi tas-siġar MP & mudelli ML awtomatikament; diversi algoritmi euristiċi żviluppati biss sabiex jaħdmu bla xkiel fi ħdan din l-applikazzjoni - kollha mgeżwra pulit f'interface waħda faċli biex tużah - verament m'hemm xejn ieħor hemmhekk pjuttost bħalu!