Gitools 1.8.4

Gitools: Qafas Komprensiv għall-Analiżi u l-Viżwalizzazzjoni tad-Data Ġenomika Multidimensjonali

Jekk qed tfittex għodda b'saħħitha biex tanalizza u tivisualizza data ġenomika multidimensjonali, Gitools hija s-soluzzjoni perfetta. Dan is-software edukattiv jipprovdi interface interattiv tal-mappa tas-sħana li jippermettilek tesplora u tiġbed ammonti kbar ta 'dejta tal-onkoġenomika bil-faċilità. B'Gitools, tista 'timporta data direttament minn databases kompatibbli Biomart u IntOGen, li jagħmilha faċli li twettaq diversi tipi ta' analiżi bħal analiżi ta 'arrikkiment, korrelazzjonijiet, sejba ta' alterazzjonijiet tas-sewwieq u oħrajn.

Gitools huwa ddisinjat biex ikun faċli għall-utent iżda b'saħħtu biżżejjed biex jimmaniġġja settijiet ta' data ġenomika kumplessi. Joffri firxa wiesgħa ta 'karatteristiċi li jagħmluha għażla ideali għal riċerkaturi, kliniċisti, edukaturi jew kull min jeħtieġ jaħdem b'dejta ġenomika.

Karatteristiċi ewlenin:

1. Mapep tas-Sħana Interattivi: Gitools jipprovdi interface intuwittiv li jippermetti lill-utenti jesploraw b'mod interattiv is-settijiet tad-dejta ġenomika tagħhom billi jużaw mapep tas-sħana. Il-mapep tas-sħana jistgħu jiġu personalizzati f'diversi modi bħal skemi ta 'kuluri, metodi ta' clustering jew għażliet ta 'filtrazzjoni.

2. Importa Data minn Databases Kompatibbli ta 'Biomart: Bl-appoġġ integrat ta' Gitools għal databases kompatibbli Biomart bħal Ensembl jew UCSC Genome Browser, l-utenti jistgħu faċilment jimportaw is-settijiet tad-dejta ġenomika tagħhom mingħajr ebda battikata.

3. Integrazzjoni ta 'IntOGen: Gitools jintegra wkoll ma' IntOGen - pjattaforma li tipprovdi aċċess għal settijiet ta 'dejta tal-onkoġenomika kkurata - li tippermetti lill-utenti jaċċessaw faċilment dawn ir-riżorsi siewja fis-softwer innifsu.

4. Analiżi ta 'arrikkiment: L-utenti jistgħu jwettqu analiżi ta' arrikkiment fuq is-settijiet tad-dejta tagħhom billi jużaw termini tal-Gene Ontology (GO) jew mogħdijiet KEGG fost oħrajn.

5. Korrelazzjonijiet: Gitools jippermetti wkoll lill-utenti jikkalkulaw korrelazzjonijiet bejn ġeni jew kampjuni differenti fis-sett tad-dejta tagħhom billi jużaw il-koeffiċjent ta 'korrelazzjoni ta' Pearson jew il-koeffiċjent ta 'korrelazzjoni ta' rank ta 'Spearman.

6. Tfittxija ta 'Alterazzjonijiet tas-Sewwieq: L-utenti jistgħu jidentifikaw alterazzjonijiet tas-sewwieq fis-sett tad-dejta tagħhom billi jqabbluha ma' ġeni magħrufa tas-sewwieq tal-kanċer minn sorsi varji bħal database COSMIC eċċ.

7.Għażliet ta 'Viżwalizzazzjoni: Barra minn hekk, Gitool joffri diversi għażliet ta' viżwalizzazzjoni inklużi plots dispersivi, plots tal-kaxxa eċċ.. li jagħmilha aktar faċli għar-riċerkaturi/kliniċi/edukaturi jifhmu l-mudelli preżenti fid-dejta.

Benefiċċji:

1.Faċilità ta 'Użu: L-interface faċli għall-utent jagħmilha faċli anke għal dawk li mhumiex esperti jużaw dan is-software mingħajr ebda għarfien minn qabel dwar lingwi ta' programmar.

2.Flessibilità: Il-kapaċità ta 'dan is-software li jintegra ma' pjattaformi/databases oħra jagħmilha aktar flessibbli minn għodod simili oħra disponibbli fis-suq.

3.Veloċità: Bl-algoritmi effiċjenti tiegħu, Gitool iwettaq analiżi aktar malajr minn ħafna għodod simili oħra disponibbli llum.

4.Eżattezza: Ir-riżultati miksuba permezz ta 'din l-għodda huma preċiżi ħafna minħabba l-algoritmi robusti tagħha li ġew ittestjati b'mod estensiv minn esperti madwar id-dinja.

5.Cost Effective: Meta mqabbel ma 'softwares kummerċjali oħra disponibbli llum, Gitool huwa kosteffettiv filwaqt li jipprovdi l-karatteristiċi kollha meħtieġa meħtieġa minn riċerkaturi/kliniċi/edukaturi li jaħdmu fuq proġetti tal-ġenomika.

Konklużjoni:

Bħala konklużjoni, Gitool huwa qafas komprensiv iddisinjat speċifikament għall-analiżi u l-viżwalizzazzjoni tad-dejta ġenomika multidimensjonali. Joffri bosta karatteristiċi inklużi mapep tas-sħana interattivi, integrazzjoni ma 'databases/intogen kompatibbli biomart, analiżi/korrelazzjonijiet ta' arrikkiment fost oħrajn li jagħmluha għażla ideali mhux biss għar-riċerkaturi iżda wkoll għal kliniċi/edukaturi li jaħdmu fuq proġetti tal-ġenomika. Bil-faċilità ta 'użu, il-prestazzjoni aktar mgħaġġla, il-kost-effettività, u l-eżattezza, jispikka bħala wieħed mill-aqwa softwares disponibbli llum fis-suq.